针对30个小鼠肠道菌群和炎症性肠病的关联性研究，我们采用目前最常用的宏基因组数据分析流程。

首先，去除原始数据中的低质量的测序片段，以及可能来自于小鼠的片段，获得高质量的小鼠肠道菌群序列。将高质量序列比对到NCBI的2,382个微生

图1 宏基因组分析流程

物的无冗余混合基因组上，对比对上的测序片段进行统计，获得不同物种的比对丰度。大约有30%左右的测序片段可以比对到NCBI标准参考基因组上，而大约70%的片段可能来自于未知的物种，或者是微生物基因组的未知区域。